帝国理工学院冠状病毒建模代码/尼尔·弗格森(主要部分)

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报名。

void SeedInftion(Double，int*，int，int)；//添加Run Number作为事件日志参数：ggilani-15/10/2014。

void InfectSweep(Double，int)；//将int作为参数添加到InfectSweep以记录运行编号：ggilani-15/10/14。

void SaveOriginDestMatrix(Void)；//新增保存原目标矩阵功能，可以与主结果分开：ggilani-13/02/15。

void SaveRandomSeeds(Void)；//增加了保存每次运行随机种子的函数：ggilani-09/03/17。

void SaveEvents(Void)；//新增此函数保存所有实现的感染事件：ggilani-15/10/14。

/*。/*/*/

/*全局变量(CovidSim.h文件中的一些结构和一些容器)-稍后分配的内存。

/*。/*/*/。

/TimeSeries是一个类型为Results的数组，用于存储(毫不奇怪)结果中每个量的时间序列。主要在RecordSample中使用。

/TSMeanNE和TSVarNE是非灭绝时间序列的均值和方差。TSMeanE和TSVarE是绝迹时间序列的均值和方差。TSMean和TSVar是指向已灭绝或未灭绝的指针。

Results*TimeSeries，*TSMean，*TSVar，*TSMeanNE，*TSVarNE，*TSMeanE，*TSVarE；/RecordSample，RecordInfTypes，SaveResults中使用的时间序列。TSMean和TSVar。

//每个像素最多可容纳20亿人，应该足够了。

int32_t*bmPopulation；//每个位图像素的种群。特殊值-1表示"；国家边界"；

gotP=goto=gotL=gots=gota=gotAP=gotScF=gotPP=0；

fprintf(stderr；sizeof(Int)=%i sizeof(Long)=%i sizeof(浮动)=%i sizeof(Double)=%i sizeof(无符号短整型)=%i sizeof(int*)=%i\n&34；，(Int)sizeof(Int)，(Int)sizeof(Long)，(Int)sizeof(浮点)，(Int)sizeof(Double)，(Int)sizeof(Double)，(int。

/读取命令行参数-很多内容，例如随机数种子；(PRE)参数文件；二进制文件；总体数据；输出目录？等。

P.PlaceCloseIndesThresh=P.LoadSaveNetwork=P.DoHeteroDensity=P.DoPeriodicBoraries=P.DoSchoolFile=P.DoAdunitDemog=P.OutputDensFile=P.MaxNumThread=P.DoIntervenonFile=0；

P.KernelOffsetScale=P.KernelPowerScale=1.0；//添加了该选项，只有在命令行输入时才会更改内核参数：ggilani-15/10/2014。

/滚动查看命令行参数，预计它们可以使用各种IF语句。

如果((argv[i][0]！='；/'；)&；&；((argv[i][2]！='；：'；)&；&；(argv[i][3]！='；：'；))perr=1；

ELSE IF(argv[i][1]=='；K'；&；&；argv[i][2]=='；P'；&；&；argv[3]=='；：：'；)//添加了内核能力和偏移缩放，以便可以从命令行轻松更改，以便快速更改内核：ggilani-15/10/14。

否则，如果(argv[i][1]=='；C'；&；&；argv[i][2]=='；L'；&；&；argv[i][3]=='；P'；&；&；argv[i][4]=='；1'；&；&；argv[i][5]=='；：&#。)//通用命令行指定的param-与param文件中的#1匹配

否则，如果(argv[i][1]=='；C'；&；&；argv[i][2]=='；L'；&；&；argv[i][3]=='；P'；&；&；argv[i][4]=='；2'；&；&；argv[i][5]=='；：&#。)//通用命令行指定的param-与param文件中的#2匹配。

否则，如果(argv[i][1]=='；C'；&；&；argv[i][2]=='；L'；&；&；argv[i][3]=='；P'；&；&；argv[i][4]=='；3'；&；&；argv[i][5]=='；：&#。)//通用命令行指定的param-与param文件中的#3匹配。

否则，如果(argv[i][1]=='；C'；&；&；argv[i][2]=='；L'；&；&；argv[i][3]=='；P'；&；&；argv[i][4]=='；4'；&；&；argv[i][5]=='；：&#。)//通用命令行指定的param-与param文件中的#4匹配。

否则，如果(argv[i][1]=='；C'；&；&；argv[i][2]=='；L'；&；&；argv[i][3]=='；P'；&；&；argv[i][4]=='；5'；&；&；argv[i][5]=='；：&#。)//通用命令行指定的param-与param文件中的#5匹配。

否则，如果(argv[i][1]=='；C'；&；&；argv[i][2]=='；L'；&；&；argv[i][3]=='；P'；&；&；argv[i][4]=='；6'；&；&；argv[i][5]=='；：&#。)//通用命令行指定的param-与param文件中的#6匹配。

IF(PERR)ERR_CRICAL_FMT("；语法：\n%s/P：ParamFile/O：OutputFile[/AP：AirTravelFile][/s：SchoolFile][/D：DensityFile][/L：NetworkFileToLoad|/S：NetworkFileToSave][/R：R0scaling]Seed1 Seed2 Seed3 Seed4\n"；，argv[0])；

/*//*。/*/*。

/*//*。/*/*

/*//*。/*/*。

/*//*。/*/*。

IF(！GotAP)ERR_CRICAL_FMT("；语法：\n%s/P：ParamFile/O：OutputFile/AP：AirTravelFile[/s：SchoolFile][/D：DensityFile][/L：NetworkFileToLoad|/S：NetworkFileToSave][/R：R0scaling]Seed1 Seed2 Seed3 Seed4\n"；，argv[0])；

/*//*。/*/*。

/*//*。/*/*。

/*//*。/*/*。

/*//*。/*/*。

InitModel(I)；//将运行号传入RunModel，以便我们可以将运行号保存在感染事件日志中：ggilani-15/10/2014

{//已中断以重置假期时间。请注意，这目前仅在第一次运行时发生，无论正在运行多少次实现。

for(i=0；i<；max_Countries；i++){CountryNames[i]=CountryNameBuf+128*i；CountryNames[i][0]=0；}。

for(i=0；i<；MAX_ADUNITS；i++){AdunitListNames[i]=AdunitListNamesBuf+128*i；AdunitListNames[i][0]=0；}。

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，PreParamFile_dat，"；未灭绝的实现数"；，"；%i"；，(void*)&；(p.nrn)，1，1，0))p.nrn=p.nr；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，PreParamFile_dat，"；定义小爆发的最大病例数"；，"；%i"；，(void*)&；(P.SmallEpidemicCases)，1，1，0)P.SmallEpidemicCases=-1；

GetInputParameter(ParamFile_dat，PreParamFile_dat，"；每空间单元格宽度的微单元数"；，"；%i"；，(void*)&；(p.nmcl)，1，1，0)；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，PreParamFile_dat，"；Reset Seed for每次运行"；，"；%i"；，(void*)&；(P.ResetSeeds)，1，1，0))P.ResetSeeds=0；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，PreParamFile_dat，"；为每次运行"；，"；%i"；，(void*)&；(P.KeepSameSeeds)，1，1，0))P.KeepSameSeeds=0；//添加此命令以控制使用哪些种子：Gigilani 27/11/19

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，PreParamFile_dat，"；Reset SeedsPostIntervention"；，"；%i"；，(void*)&；(P.ResetSeedsPostIntervention)，1，1，0))p.ResetSeedsPostIntervention=0；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，PreParamFile_dat，"；干预后重置种子的时间"；，"；%i"；，(void*)&；(P.TimeToResetSeeds)，1，1，0)P.TimeToResetSeeds=1000000；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；Include家庭"；，"；%i"；，(void*)&；(P.DoHousehold)，1，1，0)P.DoHousehold=1；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，PreParamFile_dat，"；OutputAge"；，"；%i"；，(void*)&；(P.OutputAge)，1，1，0)P.OutputAge=1；/默认打开。

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，PreParamFile_dat，"；OutputSeverityAdminUnit"；，"；%i"；，(void*)&；(P.OutputSeverityAdminUnit)，1，1，0)P.OutputSeverityAdminUnit=1；/默认打开。

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，PreParamFile_dat，"；OutputR0"；，"；%i"；，(void*)&；(P.OutputR0)，1，1，0))p.OutputR0=0；/默认关闭。

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，PreParamFile_dat，"；OutputControls"；，"；%i"；，(void*)&；(P.OutputControls)，1，1，0)P.OutputControls=0；/默认情况下关闭。

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，PreParamFile_dat，"；OutputCountry"；，"；%i"；，(void*)&；(P.OutputCountry)，1，1，0)P.OutputCountry=0；/默认情况下关闭。

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，PreParamFile_dat，"；OutputAdUnitVar"；，"；%i"；，(void*)&；(P.OutputAdUnitVar)，1，1，0)P.OutputAdUnitVar=0；/默认关闭。

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，PreParamFile_dat，"；OutputHousehold"；，"；%i"；，(void*)&；(P.OutputHousehold)，1，1，0)P.OutputHousehold=0；/默认关闭。

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，PreParamFile_dat，"；OutputInfType"；，"；%i"；，(void*)&；(P.OutputInfType)，1，1，0)P.OutputInfType=0；/默认关闭。

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，PreParamFile_dat，"；OutputNonSeverity"；，"；%i"；，(void*)&；(P.OutputNonSeverity)，1，1，0)P.OutputNonSeverity=0；/默认关闭。

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，PreParamFile_dat，"；OutputNonSummaryResults"；，"；%i"；，(void*)&；(P.OutputNonSummaryResults)，1，1，0)P.OutputNonSummaryResults=0；/默认关闭。

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；)更正家庭分配后的年龄分布，以精确匹配指定的人口统计"；，"；%i"；，(void*)&；(P.DoCorrectAgeDist)，1，1，0)p.DoCorrectAgeDist=0；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；包括国家/地区内的行政单位"；，"；%i"；，(void*)&；(P.DoAdUnits)，1，1，0))p.DoAdUnits=1；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；除数"；，"；%i"；，(void*)&；(P.CountryDivisor)，1，1，0))P.CountryDivisor=1；

如果(！(AdunitNamesBuf=(char*)malloc(3*ADUNIT_LOOKUP_SIZE*360*sizeof(Char)ERR_CRICAL("；无法分配临时存储\n"；)；

AdunitNames[3*i+1]=AdunitNamesBuf+3*i*360+60；

AdunitNames[3*i+2]=AdunitNamesBuf+3*i*360+160；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；Divisor for Level 1管理单元"；，"；%i"；，(void*)&；(P.AdunitLevel1Divisor)，1，1，0)P.AdunitLevel1Divisor=1；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；Mask for Level 1管理单元"；，"；%i"；，(void*)&；(P.AdunitLevel1Mask)，1，1，0))P.AdunitLevel1Mask=1000000000；

NA=(GetInputParameter2(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；，"；%s"；，(void*)AdunitNames，3*ADUNIT_LOOKUP_SIZE，1，0))/3；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；要包括的国家/地区数"；，"；%i"；，(void*)&；nc，1，1，0))nc=0；

GetInputParameter(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；要包含的国家/地区名称列表"；，"；%s"；，(NC>；1)？(void*)CountryNames)：((void*)CountryNames[0])，NC，1，0)；

如果((AdunitNames[3*i+1][0])&；&；(！strcmp(AdunitNames[3*i+1]，CountryNames[j])&；&；(atoi(AdunitNames[3*i])！=0)。

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；要包括"；，"；%i"；，(void*)&；(P.NumAdunit)，1，1，0))P.NumAdunit=0；

GetInputParameter(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；要包括的1级管理单元列表"；，"；%s"；，(P.NumAdunit>；1)？((void*)AdunitListNames)：((void*)AdunitListNames[0])，P.NumAdunit，1，0)；

对于(j=0；(j<；na)&；&；(！f)；j++)f=(！strcmp(AdunitNames[3*j+2]，AdunitListNames[i]))；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，AdminFile_dat；"；，"；%i"；，(void*)&；(P.DoAdunitOutput)，1，1，0))p.DoAdunitOutput=0；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；在地图上绘制行政单位边界"；，"；%i"；，(void*)&；(P.DoAdunitBoraryOutput)，1，1，0)p.DoAdunitOveraryOutput=0；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；正确的管理单元人口"；，"；%i"；，(void*)&；(P.DoCorrectAdunitPop)，1，1，0)P.DoCorrectAdunitPop=0；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；Fix Pull Size at指定值"；，"；%i"；，(void*)&；(P.DoSpecifyPop)，1，1，0))P.DoSpecifyPop=0；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；AdminFile_dat；"；，"；%i"；，(void*)&；(P.AdunitBitmapDivisor)，1，1，0))p.AdunitBitmapDivisor=1；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，PreParamFile_dat，"；只输出一个行政单位"；，"；%i"；，(void*)&；(P.DoOutputPlaceDistForOneAdunit)，1，1，0))p.DoOutputPlaceDistForOneAdunit=0；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，PreParamFile_dat，"；要输出的家庭距离分布"；，"；%i"；，(void*)&；(P.OutputPlaceDistAdunit)，1，1，0))p.DoOutputPlaceDistForOneAdunit=0；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；include age"；，"；%i"；，(void*)&；(p.doage)，1，1，0))p.doage=1；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，PreParamFile_dat，"；初始免疫充当部分免疫"；，"；%i"；，(void*)&；(P.DoPartialImmunity)，1，1，0))p.DoPartialImmunity=1；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，PreParamFile_dat，"；初始免疫适用于所有家庭成员"；，"；%i"；，(void*)&；(P.DoWholeHouseholdImmunity)，1，1，0)p.DoWholeHouseholdImmunity=0；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；Include空间传输"；，"；%i"；，(void*)&；(P.DoSpatial)，1，1，0))P.DoSpatial=1；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；内核第三个参数"；，"；%lf"；，(void*)&；(P.MoveKernelP3)，1，1，0))p.MoveKernelP3=0；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；Kernel 4 param"；，"；%lf"；，(void*)&；(P.MoveKernelP4)，1，1，0))p.MoveKernelP4=0；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；Kernel Shape"；，"；%lf"；，(void*)&；(P.MoveKernelShape)，1，1，0))P.MoveKernelShape=1.0；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；Airport Kernel Type"；，"；%i"；，(void*)&；(P.AirportKernelType)，1，1，0))p.AirportKernelType=P.MoveKernelType；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；Airport Kernel Scale"；，"；%lf"；，(void*)&；(P.AirportKernelScale)，1，1，0))p.AirportKernelScale=P.MoveKernelScale；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；Airport Kernel Shape"；，"；%lf"；，(void*)&；(P.AirportKernelShape)，1，1，0))p.AirportKernelShape=P.MoveKernelShape；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；Airport Kernel 3param"；，"；%lf"；，(void*)&；(P.AirportKernelP3)，1，1，0))p.AirportKernelP3=P.MoveKernelP3；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；Airport Kernel 4 param"；，"；%lf"；，(void*)&；(P.AirportKernelP4)，1，1，0))p.AirportKernelP4=P.MoveKernelP4；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；位置类型数"；，"；%i"；，(void*)&；(P.PlaceTypeNum)，1，1，0))P.PlaceTypeNum=0；

GetInputParameter(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；for age group 1 in place type"；，"；%i"；，(void*)P.PlaceTypeAgeMin，P.PlaceTypeNum，1，0)；

GetInputParameter(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；age group 1 in place type"；，"；%i"；，(void*)P.PlaceTypeAgeMax，P.PlaceTypeNum，1，0)；

GetInputParameter(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；年龄组1在位比例类型"；，"；%lf"；，(void*)&；(P.PlaceTypePropAgeGroup)，P.PlaceTypeNum，1，0)；

如果(！GetInputParameter2(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；年龄组2的就地比例类型"；，"；%lf"；，(void*)&；(P.PlaceTypePropAgeGroup2)，P.PlaceTypeNum，1，0))。

GetInputParameter(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；年龄组2的最小年龄就地类型"；，"；%i"；，(void*)P.PlaceTypeAgeMin2，P.PlaceTypeNum，1，0)；

GetInputParameter(ParamFile_dat，AdminFile_dat，"；年龄组2的最长年龄位置类型"；，"；%i"；，(void*)P.PlaceTypeAgeMax2，P.placeType。

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