当描述一种新的SARS-CoV-2患者分离株的预印本出现时，伴随着基因组序列的变化，世界似乎对一种新的病毒“株”感到担忧。我想解释为什么这种焦虑是被误导的，在这个过程中，我想确切地解释什么是病毒株和病毒分离。
在科学领域，用词很重要。可悲的是，即使是病毒学家也经常不恰当地使用他们的术语。我以前写过这方面的文章。
当从冠状病毒患者身上分离出SARS-CoV-2时，该病毒被称为分离物。这个术语的由来很清楚：病毒是从一名患者身上分离出来的。
这些病毒分离株都是相同的SARS-CoV-2毒株。它们并不是不同的菌株，即使它们的基因组序列发生了变化。病毒株是一种具有不同生物学特性的分离株，例如与不同的受体结合，或者在更高的温度下具有明显不同的稳定性，仅举许多可能的例子中的两个。
只有一种SARS-CoV-2毒株。第一个病毒分离株是2019年12月从武汉的一名患者身上提取的，与2020年5月在世界其他任何地方提取的最新分离株相同。到目前为止，还没有人证明这些病毒分离株中的任何一个在基本特性上有所不同。
我可以听到你们中的一些人在叫喊，但是核苷酸的改变还不足以制造菌株吗？答案是响亮的“不”。被感染者排出的每一种病毒都与下一种病毒有许多碱基的不同。称每个患者都是菌株是愚蠢的，也没有什么用处。该术语仅用于赋予病毒新属性的特殊更改。
毫无疑问，你已经听说过关于不同SARS-CoV-2毒株的报道，但我向你保证，这些报道很可能是错误的。前段时间，中国曾声称在人类中存在具有不同致病性的“L”和“S”毒株。不对。你还会听到有八种流行的病毒株。不对。这些都是分离株。无论预印本声称什么，都没有一种被证明具有明显的生物学特性。
这些声明中的大多数都是预印本，如果科学审查过程发挥了作用，它们中的大多数将只是关于新的基因组序列的报告，没有相关的生物变化。
最近的犯罪者是一份预印本，声称带有尖峰糖蛋白(D614S)氨基酸变化的SARS-CoV-2增加了病毒的传播性。这种氨基酸变化会增加病毒传播的说法是未经证实的，而且很可能是不正确的。毫无疑问，带有D614S变化的病毒正在世界不同的地理区域出现。除非事实证明并非如此，否则他们的出现很可能是由于创始人效应。假设一种带有D614S的病毒在人的呼吸道复制过程中出现。如果带有该变化的病毒感染下一个人，以此类推，那么D614S变化将占主导地位。这种变化只是简单的单核苷酸多态性，没有什么后果。这是病毒容易出错的RNA合成产生的噪音。带有D614S的病毒仅仅是病毒分离株。他们不是SARS-CoV-2的毒株。
由于创始人效应，要证明特定的突变会增加病毒在人类中的传播是非常困难的。在过去，针对其他病毒提出了许多这样的说法，但都没有得到证实。我脑海中浮现的一种氨基酸是埃博拉病毒糖蛋白中的一种氨基酸，这种氨基酸出现在2015年西非疫情早期，后来在所有分离株中都发现了这种氨基酸。没有证据表明这不仅仅是创始人效应。
我还要提醒的是，声称SARS-CoV-2正变得越来越容易传播忽略了这样一个事实，即该病毒已经非常容易在人与人之间传播了。对于像D614S这样的氨基酸变化来说，要被正面选择，而不是作为创始人效应的结果而被维持，需要选择性压力。对于这样一种已经高度传播的病毒来说，这种选择压力的性质很难辨别。