关于这些新的Covid突变

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我要在这里指出，南非还有另一种压力正在引起类似的关注。这一个在Spike蛋白中有八个突变，其中三个突变（K417N，E484K和N501Y）可能具有一定的功能作用。您会注意到N501Y也在英国生产，但人们特别注意E484K，因为它位于许多抗体似乎都能识别的区域。当您查看种群测序数据时，南非似乎也在上升，这表明它也可能更具传播性。

但是请记住，抗体反应（无论是通过感染还是通过疫苗接种）都是多克隆的：您产生了许多以不同方式结合的不同抗体。这是适应性免疫系统的关键特征之一：可以从多个方向同时击中新抗原。这使新病原体变种更加困难-很好，但同时也不是没有可能。因此，注意力集中在这两个新菌株上。

这使我们想到了人们担心的另一个大因素：传播能力的提高当然不好，但是当您被感染后会发生什么呢？这些菌株在人类中会产生相同类型的疾病吗？在这一点上，目前还不清楚，到目前为止，尚无人将这两种变异体与明显恶化的临床病程相关联。实际上，许多传染性病原体与给定的动物宿主相比会逐渐进化，从而随着时间的推移更具传染性和低毒性。请记住，使人致命的疾病不是病毒的工作：制造更多病毒是病毒的工作。总体而言，通常更容易捕捉到且不会过于恶毒地侵入宿主的菌株。但这是一个全局的统计效果，并且不一定能在出现的任何给定应变中起作用。一旦被发现，可能会有一种新的菌株更具传染性和危害性，因此我们必须保持警惕。甚至传播相同疾病的更易传播的病毒（当然）也将是一件非常糟糕的事情。

因此，我认为对这些新菌株的科学重视程度是完全适当的。大众媒体可能是另一个故事。重要的是要记住，（如上所述）我们甚至还没有确定这些菌株实际上具有更高的传染性，并且我们尚不清楚与其他变种相比它们对人类有什么影响。因此，如果您看到有关“超级病毒无情行军”的头条新闻，请继续阅读其他内容，因为（幸运地）这些东西已经超出了实际情况。这些绝不是我们将要看到的最后一个类似的变体，我们需要学习如何以负责任的方式涵盖它们。

那么接下来会发生什么，何时我们会知道更多？我们将很快获得动物模型数据，以告诉我们有关传染性的一些信息，并且已经在进行使用人类抗体混合物（来自感染患者和接种疫苗的患者）的研究，以查看这些新菌株是否对我们的免疫反应更不敏感。这将需要几个星期的时间；在那之前，我不希望看到任何清晰的画面。这至少也就是我们开始确认对人类的临床效果所需要的时间范围–您可以确定，世界各地的医疗中心都将监视已确认这些变异的患者，以查看是否存在任何差异。我们还想知道这些对象在不同年龄段的人群中，在已存在疾病的人群中的样子，等等，但是所有这些将花费大量的时间来获得有意义的图像。

我的推测值得您为此付出代价。但是，我认为，根据我们目前所看到的情况，英国菌株可能比现有菌株更具传染性，这是合理的。我希望我错了，我想再次强调我的情况可能很好。在同样模糊的水平上，到目前为止，我还没有发现任何东西使我认为它会导致更严重的疾病，我非常希望我对此没有错。至于疫苗的作用，我的钱是来自仍能起到保护作用的疫苗对抗体的反应-这将是我们获得的第一批确凿数据，因为这是一些最直接的实验。随时更新。

牛津大学传染病学专家彼得·霍比（Peter Horby）周一表示：“我们现在非常有信心，这种变异确实比目前在英国的其他病毒变异具有传播优势。”适度”的信心。科学家说，该变种正在继续取代该国的其他形式的SARS-2。 https://www.statnews.com/2020/12/21/looming-questions-new-variant-coronavirus/

”这三个字母的代码中有一些冗余；您可以进行的某些改变最终会导致相同的氨基酸，但是这种最新菌株的相当多的改变是真正的蛋白质改变-其中有14种改变，其中3种导致缺失，以及六个最终不会改变任何东西的沉默者。”

遗传密码具有固有的冗余性。我们有20个氨基酸由基因组中的三个连续位置（三元组）编码，每个氨基酸可以是4种事物之一，给出4 ^ 3 = 64的可能性。还有3种组合告诉核糖体停止，因此遗传密码中固有的3倍冗余。一些氨基酸具有6个密码子，而另一些则更少。

14/17编码不同氨基酸的事实是遗传密码的所有冗余的3倍，这都表明已选择了14个氨基酸中的至少一部分。随机突变极不可能产生这种情况。

即使您将突变总数计为23，但其中的14个都不是同义的，这也是意外的。在纯随机突变的情况下，人们可能会期望大约1/3（例如7-8）是非同义的，因此这仍然是选择的很好证据。

值得一看的是NextStrain图谱，以了解基因组中未显示突变的位置。它们可能对病毒具有致命性，应该指向多汁的药物靶标。对于像这样的可变病毒，我们应该寻找进一步的方法来攻击它，使其穿透我们的细胞。

氨基酸替代中也有一些“冗余”。当然，它更加模糊，但是在许多情况下，用天冬酰胺取代谷氨酰胺（在侧链上仅增加一个CH2基团），或用谷氨酸取代天冬氨酸（类似）在大多数情况下实际上都没有改变（这是事实。 （在酶的活性位点可能不是这种情况，而是更普遍）。

即使是同义词，该单元格在密码子用法上也可能难以置信。这是一个可怕的例子-Werdnig Hoffmann病，其中一个同义密码子变为另一个同义密码子会导致基因剪接的变化，从而带来灾难性的后果。

确实，很好的联系，这就是为什么我要提出警告-如果您将一个额外的CH2推到一个狭窄的地方，那么一切都会有所不同。但是，在许多（也许是大多数）蛋白质上，您可以进行大量更改，而在80％或90％的序列中却没有明显的生物学影响，甚至可以切掉或插入大片段的α-螺旋-大多数都只是为了折叠链，使活动区域的相对较小区域正确成形。如果您考虑一下，这必定是正确的，否则生物学将受到极大的限制，以至于进化将大为不同。

凯文：是的。一些日本工人设计了稳定在100 C的蛋白质-一种设计成具有Rossmann折叠的蛋白质（两对夹着β折叠的α螺旋。然后，他们将核心中的10个大疏水氨基酸（亮氨酸，异亮氨酸）突变为一个较小的蛋白质（缬氨酸），因此核心的34个氨基酸中有30个是缬氨酸，我猜是随着疏水性核心变小，蛋白质会塌陷，但是基本上什么也没发生。这是Proc。Natl。Acad。Sci。vol 。117页31149 – 31156 '20

一些“病毒爱好者”的眉毛在抬头。他们知道，SARS-CoV-2突变“对其功能具有重要意义”可能不仅仅是此处所说的“蛋白质的真实变化”。我们不应该放弃“最终不会改变任何事情的沉默的人”。他们最终可以极大地改变功能！基因组中的某些位点与蛋白质编码无关。相反，它们与蛋白质表达的调节和其他功能（例如重组）有关，许多可以强烈影响病毒可以采用的高级结构。高度具有这种结构潜力的基因外和基因内区域的高度保守性表明，可能存在“真正的选择压力在起作用”。因此，是的，“有很多解释在起作用”！是的，对于针对蛋白质的疫苗，我们应该抱有希望，但也正在寻找可能影响病毒基因组结构的致命弱点的药物。

这种病毒传播的重要组成部分似乎涉及超级传播者，他们感染的个体比大多数人要多。看待超级传播者的另一种方法是将其视为进化瓶颈。无论哪种成功的主机，都会传播给更多的人。即使其大多数等位基因变异对表型即中性突变也没有影响。您不能仅仅因为某个新变体在给定区域变得越来越丰富就可以假设它具有不同的功能。在这里进行基准实验对于进行受控实验至关重要，该实验可以告诉我们病毒是否也改变了其细胞分子行为。动物模型很棒，但斑块测定需要几天的时间，我在任何地方都找不到这种数据。

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在给定的区域中，一个超级吊具可以产生很大的变化。并且您的一个样本可能具有完全微不足道的突变，看起来好像是起源于或接近于该个体。

但是，在比少数“超级传播者”的“传播范围”更大的地理区域内替代其他病毒株，强烈表明该菌株具有更高的传播能力。

根据NERVTAG（英国政府关于此类疾病的主要顾问）的说法，该病毒更易传播的机制是它可能更容易感染儿童。

这不是解决问题的最快方法，以跟踪人们是否再次受到感染吗？

如果该变体更易于传播，即使它没有任何额外的再感染能力，仍然是一个问题。当然，重要的是要通过这种变体寻找再感染，因为我们希望寻找任何免疫逃逸突变。

但是，情况确实如此，您可能会看到明显的可传递性增加的机制之一是，易感个体的集合是否由于免疫逃逸突变而扩大。通过比较血清阳性率高的区域与血清阳性率低的区域中变体的扩散速率，很容易随时间进行分类。

这是我紧迫的担忧，特别是考虑到伦敦在第二次封锁结束之前病例有所增加，并且在第一波中已经有很高的感染人数（仅5月底就达到了17％）。当然，缺乏依从性是一个因素，我不知道有任何有关再感染的报道。鉴于目前已经推出了这种疫苗，它似乎并没有太大改变，但是我必须说，鉴于我们需要一直保持这种态度，现在在伦敦它​​的表现十分严峻。

我可以想象一个场景，其中再感染的故事构成了有关“传染性增加”的整个故事。

想象一下，目前受影响的地区以前感染的人口占总人口的1/3，而从未感染过的人口占2/3。现在，以前受感染的人大都属于被感染的高风险群体，无论是由于工作，闲聊还是其他原因。这就是为什么他们首先被感染的原因。最重要的是，事实是他们知道自己曾经感染过，因此可能会比以前拥有更大的危险行为，并认为自己是“免疫护照”的持有者。综合所有这些，并假设他们倾向于以从未感染者的2倍的速度暴露于感染者，从而在先前感染与未感染者之间产生同等的感染概率（2 x 1/3 = 2/3）。在这种情况下，将需要一种免疫逃逸表型来解释观察到的明显增加的透射率。

我真的不希望这会成为结果，但是如果再感染成为正在进行中的重要部分，这也不会令我感到惊讶。 如果该变体在接受恢复期血浆治疗的免疫功能低下的患者中进化，则选择压力更倾向于免疫逃逸，而不是增加传播。 这很可能使您概述的三种机制推动了R的增加。 是的，这就是我正在描述的可能性，但根据下面克里斯·菲利普斯（Chris Phillips）透露的数据，似乎不太可能。 如果在以前感染的人群中出现的新变种病例不到0.5％，则对新变种的估计传播率增加（> 50％）贡献不大。 关于再感染，NERVTAG摘要文件说：“已经确定了四次可能的再感染 ......