从人体肠道重建古代微生物基因组

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A，前15个基因的热图，富含古代，工业和非工业样品（补充表8中的完整结果）。使用Prokka 38注释功能（用Bonferroni校正的单尾Wilcoxon Rank-Sum测试）。显示的每百万读数（RPKM）值的读数显示在日志刻度上并按行缩放。在扩展数据中示出了未划分的热图。12. B，Volcano图显示富集的巨蜥签名（双尾Wilcoxon Rank-Sum-Sum-Sum-Sub-Sum测试，比较Palaeofaes和非工业样品（左），古皇后和工业样品（中间），非工业和工业样品（右）。每个数据点代表一个达到克服的家庭。根据手动注释的宽基板类别，巨大型巨大编码。水平虚线的红线表示调整的P = 0.05。垂直虚线表示Log 2变换折叠变化= 0.对于左侧和中间图，显示整个数据集和放大版本。对于右图，将X轴限制设定为-5和5（结果，除去八个统计学上非显着的巨尾）。

另一方面，工业和非工业样品均相对于古典植物（图4A，扩展数据图11和补充表8）富含抗生素抗性基因（其中许多是四环素抗性基因） ，与将古老的古代植物27日期所日期的古代植物一致。在当前的样品中，链球菌和柯林塞SGB中存在多种四环素抗性基因（补充信息第10节）。我们的分析表明，这些四环素抵抗基因被染色体上编码而不是在质粒上（补充信息部分11）。此外，与Palaeofaes相比，几种聚糖降解基因（Endo-4-O-硫酸酶和三种SuSD样蛋白）在工业样品中富集（扩展数据。12和补充表8）。这些基因主要在Bacteroidetes SGBS中发现，包括拟菌和PREVOTALLA（补充信息部分10）。

幼族（碳水化合物 - 活性酶）28分析宫内节育器和非工业样品计划中的类似浓缩模式

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