口袋里的第一个DNA'三阶'

2020-12-08 00:38:05

冷泉港实验室(CSHL)的科学家开发了世界上第一台移动基因组序列分析仪,这是一款名为iGenomics的新iPhone应用程序。通过将iPhone与手持式DNA测序仪配对,用户可以创建一个移动遗传学实验室,这让人想起&tric34; tricorder"在《星际迷航》中精选。 iGenomics应用程序完全在iOS设备上运行,从而减少了在现场对笔记本电脑或大型设备的需求,这对大流行和生态工作者非常有用。 Aspyn Palatnick在他还是14岁的高中实习生的八年时间内,在CSHL副教授Michael Schatz的实验室中为iGenomics编程。 iPhone应用程序的开发是对牛津纳米孔公司生产的微小DNA测序设备的补充。现在加入Facebook的Palatnick在加入Schatz实验室时已经在构建iPhone应用程序方面经验丰富。他和沙特兹意识到:

"随着测序仪的不断缩小,没有可用的技术可让您在移动设备上研究DNA。 DNA的大多数研究:对齐,分析都是在大型服务器群集或高端笔记本电脑上完成的。

沙特斯(Schatz)意识到研究流行病的科学家正在                      iGenomics通过使基因组研究更加便携式,可访问且负担得起来提供帮助。

用户可以通过AirDrop相互测序数据,从而在最遥远的位置(甚至那些无法访问互联网的位置)进行DNA分析。夏茨介绍说,iGenomics可能很快就会进入宇航员手中。

在太空中进行DNA测序引起了很多兴趣。我正在尝试看看是否有一种方法可以使iGenomics在那里实现。有很多人对此感兴趣。这是关于如何在常规计算机上进行任何类型的分析的真实证明。随身携带它们是不可能的。

Palatnick和Schatz在Gigascience杂志上报告,iGenomics算法可以快速定位病毒病原体(例如流感病毒或Zika病毒)的DNA序列,并识别对于诊断和治疗很重要的突变。他们还提供了在线教程,用于分析其他病毒基因组,例如来自SARS-CoV-2患者的基因组。

如今,我们每个人都在口袋里携带专业相机,因此在接下来的几年中,我们也都可以在智能手机上携带自己的DNA测序仪,这并不难想象。有太多机会可以测量我们的环境并寻找病原体,甚至可以对自己进行扫描。