SARS-COV-2可能由于前暴露于流感病毒而可能存在的反应性T细胞

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为了鉴定通过单独肽扩增的CDR3或全肽 - 混合物，对来自供体D089和D225的抗原刺激的PBMC进行抗原TCR分析，与抗原的刺激后的第7天，第21天（参见“方法”） 。两个捐赠者都向PEP-7和PEP-MIX展示了鲁棒IFN-γ响应，但不是PEP-1（图S4）。在三个不同的时间点分析独特公共和私人CDR3S的多样性和克隆扩增（图3A，B）。施主均显示多个公共CDR3S的克隆扩增，识别HCMV，人疱疹病毒-5（HHV-5）和流感 - 一种肽，当用PEP-7和全肽混合物刺激时，但没有PEP-1（表S2 ）。在供体D089中扩增HCMV和HHV-5 CDR3S（图3A，顶部面板），而D225显示HCMV和流感CDR3S的膨胀（图3A，底板）。值得注意的是，这些CDR3S未被穗-C1和S2肽库或PEP-1扩增，后者未能在这些供体中激活T细胞。此外，在供体089和225中识别HCMV肽NLVPMVATV的CDR3S是不同的，表明相同的抗原在不同的供体中接合多个交叉反应性TCR。接下来，我们在这两个捐赠者中分析了私人CDR3s，以鉴定新的SARS-COV-2抗原特异性CDR3（图3B）。供体089显示私有CDR3S缺乏特异性扩增，表明该供体中检测到的鲁棒CD8 T细胞应答可能由扩增的公共CDR3S提供贡献（图3B，顶部面板）。相反，通过PEP-7和D225中的全肽混合物克隆两个私人CDR3S，表明T细胞反应来自该供体中的公共和非公共TCR（图3B，底板）。鉴于TCR分析在Day-7及其上进行，扩增的CDR3S可以衍生自预先存在的和幼稚T细胞。表S2中给出了两种供体中检测到的克隆扩增的公共和私人CDR3的列表。

在用指定的肽的不同时间点在不同时间点进行PBMC体外刺激后，在未曝光供体中的散装TCR曲目分析。 （a）扩展公共CDR3-βS识别D089（上面板）和D225（下图）中的共用抗原。 （b）扩展D089（上面板）和D225（下图）中的私人CDR3-βS。 （c）D225中的V-J基因使用。 （d）D089中的V-J基因使用。

进一步研究供体089和225的TCR曲目概况，我们分析了批量CDR3数据中的VDJ基因使用。在D225中，在Pep7和肽混合处理的样品中显着过度地表示两种V区段TRVB2和TRVB30，并且J Gene Trbj2-1显着过度地表示（图3C），而在D089 TRBV12-4和TRBJ1-2基因中被扩增（图3D）。

为了表征活化T细胞的表型和功能状态并揭示不同治疗之间的差异，我们在10x平台上进行单细胞测序。从3500-4500细胞获得的单细胞转录组和TCR数据鉴定了3000-3500个独特的成绩单（参见“方法”）。使用基于图的均匀歧管近似和投影（UMAP）的基于图的聚类，我们捕获了4种不同细胞类型的转录组（图4A和表S3）。我们的测定方法富集了T细胞的生长和增殖，导致在14天培养的PBMC中存在的其他免疫细胞类型的枯竭。在所有样品中检测到三种细胞类型，CD8，γ/δ和NK-T。与DMSO和PEP-7相比，其中CD8 T细胞级分为〜60％，在穗-C1和穗-S2中，CD8 T细胞级分别分别为50％和38％。相反，CD4集群在Spike-s中扩展

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