SARS-CoV-2 Gamma 变异体感染了 16 名辉瑞公司接种疫苗的圭亚那金矿工人

免责声明：早期发布的文章不被视为最终版本。任何更改将在文章正式发布当月的在线版本中反映出来。由关注的伽马变异引起的严重急性呼吸系统综合症冠状病毒 2 的爆发感染了法属圭亚那金矿的 24/44 (55%) 员工（87% 有症状，无严重形式）。在完全接种疫苗的矿工中，攻击率为 60%（15/25），在没有感染史的未接种疫苗的矿工中为 75%（3/4）。 2021 年 5 月 31 日，一名金矿工人在法属圭亚那可可健康中心检测出严重急性呼吸系统综合症冠状病毒 2（SARS-CoV-2）呈阳性。他在距离卡宴 72 公里（包括 13 公里的森林小径）的亚马逊森林合法金矿工作。来自同一地点的其他工人被报告有症状，尽管这一特定人群中有很大一部分在上个月从完全冠状病毒病 (COVID-19) 疫苗接种中受益。一支医疗队到现场对矿场44名员工进行了调查、检查和筛查。记述发生调查的结果。我们通过填写标准化表格来收集数据，这些数据是通过对所有金矿工人的访谈和体检以及审查健康中心记录收集的。矿场的所有员工都接受了医生的检查，并通过鼻咽部 Panbio COVID-19 Ag 快速检测设备（雅培实验室，https://www.abbott.com）进行筛查，如果他们有症状；所有矿工于 2021 年 6 月 2 日接受了 SARS-CoV-2 PCR EurobioPlex SARS-CoV-2 Multiplex（Eurobio Scientific，https://www.eurobio-scientific.com）测试。所有员工于 2021 年 6 月 8 日至 15 日进行了重新评估;那些阴性结果的人通过PCR重新筛选。我们对从 39 名金矿工采集的血液样本进行了血清学检测，无论 PCR 是阴性还是阳性。血清样本最初使用抗 SARS-CoV-2 ELISA IgG（Euroimmun，https://www.euroimmun.com）进行测试。我们使用描述性统计来分析变量并进行单变量分析。作为卡宴医院活动的一部分，干预是一项公共卫生应对措施。所有金矿工人都口头同意在访谈期间记录和处理信息以及将其生物学结果用于研究目的，并且医生根据法国法律填写了无异议表。矿工大多是男性（42/44）；中位年龄为 53.3 岁。其中 18 名工人有严重 COVID-19 的危险因素：高血压 (11/44)、糖尿病 (4/44) 或肥胖 (4/44)。矿工住在不同的房间里，但共享面对面的膳食和机舱。他们也没有戴口罩在外面工作。 21 名工人报告说，在过去的 2 周内与矿场外有过接触。 5 月 29 日，3 名机器操作员和 1 名矿工出现了首例有症状的病例。他们的抗原检测和PCR结果在6月2日呈阳性。暴发高峰出现在早期病例后2天，即5月31日（图）。五名检测呈阴性的无症状矿工搬到一个单独的开放式住房进行隔离。其中4人于6月6-8日出现症状，6月8日检测呈阳性，总发病率为54.5%（24/44）； 87% 有症状，65% 有发烧，22.6% 有呼吸困难。没有观察到临床上严重的 COVID-19 (1)，也没有患者住院。在受感染的矿工中，18/23 (78.2%) 的循环阈值 (C t) <28（附录表 1）。关注变种 (VOC) gamma（P.1 谱系），也称为 20J/501Y.V3，在巴斯德研究所测序的 9/9 病毒中被鉴定出来（附录表 2），没有任何新的突变。在测试呈阴性且未接种疫苗的 4 人中，有 3 人的 SARS-CoV-2 IgG 呈阳性。患者 40 可能是指示病例；他报告说上周探望了他的家人，并感染了无症状的 SARS-CoV-2，C t 为 33-35。

关于免疫状态，25/44 (56.8%) 完全接种了 BNT162b2 疫苗（Pfizer-BioNTech，https://www.pfizer.com）；根据法国的指南 (2)（表），3/6 有 COVID-19 病史的工人接种了单次注射疫苗。涉及多个 BNT162b2 批号。疫苗温度由 LogTag Analyzer (LogTag Recorders, http://www.logtag-recorders.com) 进行监控和电子记录，冷链没有任何中断。完全接种疫苗的矿工的发病率为 15/25（60.0%），部分接种疫苗或有 COVID-19 病史的矿工为 6/15（40.0%），未接种疫苗的矿工为 3/4（75%）。既往有 COVID-19 病史的人的发病率为 0/6，而没有既往病史的人的发病率为 63.2%（表）。没有发现其他因素与感染风险相关。在矿工中记录了 14/28 次疫苗临床失败（COVID-19 在第二次接种后超过 14 天，或有 COVID-19 病史的患者在单次接种后）；没有人有严重感染。 28 名完全接种疫苗的人中有 12 名 (42.3%) 报告了疫苗反应原性。在完全接种疫苗的人群中，大多数人的 SARS-CoV-2 IgG 比率很高（平均 9.22，SD 1.5）。我们在有症状的患者出现症状后 4（四分位距 [IQR] 2-5.5）天和疫苗接种后 58（IQR 46-62）天进行了血清学检测。 BNT162b2 等 mRNA 疫苗在临床试验和现实世界中均表现出对野生型 SARS-CoV-2 及其 Alpha 变体感染的高效性 (3, 4)。然而，其他 VOC，例如 Beta 或 Gamma，含有突变，可能会导致从先前感染或疫苗接种引起的体液反应中逃脱，这已通过体外 (5-7) 和体内观察性研究的观察性研究证明Beta 变体 (8, 9)。然而，这种突破性感染，即使是由 Beta 变异引起的感染，在完全接种疫苗的人群中仍然很少见，而且大多是无症状或中度症状的 (8-10)。我们描述了即使在完全接种疫苗的人群中也具有高发病率的 COVID-19 Gamma 变异簇。 Gamma 变异是法属圭亚那的主要变异，截至 2021 年 7 月，它引起了第三波流行病，有可能使医院容量不堪重负 (11)。疫苗针对 Gamma 变异体感染的效率如此之低是意料之中的，因为体外研究表明 BNT162b2 引发的抗体对 Beta 或 Gamma 变异体的中和作用类似降低 (5)，并且对来自Beta 变体 (6)。在 2021 年 1 月至 4 月期间在美国发现的 10,262 例 COVID-19 疫苗突破性感染中，其中 555 例有可用的测序，只有 28 例是由 Gamma 变异引起的 (12)。此外，针对 Beta 变体的任何感染的真实世界有效性估计为 75.0% (9)，该变体在编码刺突蛋白的基因上具有类似的 E484K 突变。鉴于令人惊讶的高发病率，我们假设疫苗保存或管理可能存在功能障碍，但缺乏可追溯的冷链中断和不同批次的使用似乎驳斥了这一假设。采矿地点的相对隔离和仔细的接触者追踪表明该社区内的病毒引入数量有限。尽管之前接种过疫苗，但 SARS-CoV-2 的阳性 PCR 的 C t 较低表明，使用 BNT162b2 疫苗的完整疫苗接种计划不足以预防有症状的 SARS-CoV-2 感染及其在没有口罩的社区生活中的传播。一些矿工的工作条件（热量、湿度、气溶胶）和其他人共用机舱也可能导致传播。高危人群中不存在严重的 COVID-19（13）表明但并不能证明对严重疾病的保护，正如在另一种情况下对 Beta 变体的报道（14）。总之，我们描述了 VOC Gamma COVID-19 爆发，在完全接种 BNT162b2 疫苗的人群中具有惊人的高发病率。我们的观察表明 BNT162b2 可以防止严重的 COVID-19。然而，在小规模和孤立的接种人群中发生的这种意外爆发需要对 BNT162b2 疫苗对 VOC 伽马的有效性进行进一步的现实研究。对于经常接触伽马变异流行区的人来说，戴口罩和保持社交距离——即使是在那些完全接种疫苗的人中——可能是必要的。 Vignier 博士是法属圭亚那卡宴医院研究、创新和公共卫生部（安的列斯圭亚那诊所调查中心）和传染病科的公共卫生和传染病医生。他的主要研究兴趣包括热带医学、移民健康和社会流行病学。 Bérot 博士是法属圭亚那西部圭亚那医院传染病科的皮肤病学和传染病医生。他的主要研究兴趣包括热带病和皮肤感染。我们感谢 Julien Tedi、Flore Lapauw 和 Laura Verger 的贡献；法属圭亚那地区卫生局（Agence régionale de la Santé de Guyane）；法属圭亚那公共卫生局（Santé Publique France Guyane）；异地预防和护​​理中心 (CDPS) 的后勤保障； Sébastien Teissier 和他的团队； Cacao 和 Regina 的 CDPS 团队，尤其是 Malika Miguel 和 Solenn Ferelloc； CDPS 的协调员；卡宴医院的董事；卡宴医院实验室团队；和法属圭亚那巴斯德研究所。此外，我们感谢矿长和他的所有员工在调查这个集群时提供的帮助。

美国国立卫生研究院 COVID-19 治疗指南小组。 2019 年冠状病毒病 (COVID-19) 治疗指南。 2021 [引自 2021 年 6 月 18 日]。 https://www.covid19treatmentguidelines.nih.gov Haute Autorité de Santé。针对 SARS-CoV-2 的疫苗接种策略：对有 Covid-19 病史的人进行疫苗接种 [法语]。 2021 年 2 月 11 日 [引自 2021 年 6 月 28 日]。 https://www.has-sante.fr/upload/docs/application/pdf/2021-02/strategie_de_vaccination_contre_le_sars-cov-2___vaccination_des_personnes_ayant_un_antecedent_de_covid-19_-_synthese.pdf , , , et , ; C4591001 临床试验组。 N Engl J Med。 2020 年； 383: 2603– 15. DOI PubMed , , , , , , 等。柳叶刀。 2021； 397: 1819–29. DOI PubMed, , , , , , 等。细胞。 2021； 184：2384–2393.e12。 DOI PubMed , , , , , , 等。值得关注的 SARS-CoV-2 变体部分逃避了 COVID-19 恢复期供者和疫苗接种者的体液反应，而不是 T 细胞反应。科学免疫学。 2021 年 5 月 25 日；6：eabj1750。 , , , , , , 等。 N Engl J Med。 2021； 384：1466–8。DOI PubMed

, , , , , , 等。纳特医学。 2021；印刷前的电子版。 DOI PubMed , , ;国家 COVID-19 疫苗接种研究小组。 N Engl J Med。 2021； 385：187-9；印刷前的电子版。 DOI PubMed , , , , , , 等。 mRNA COVID-19 疫苗在一组医护人员中对抗 SARS-CoV-2 感染的有效性。 Clin Infect Dis 2021 年 4 月 26 日 [Epub 印刷前。] Santé Publique France。区域流行病学点：特殊 COVID-19 [法语]。 2021 年 6 月 17 日 [引自 2021 年 6 月 18 日]。 https://www.guyane.ars.sante.fr/system/files/2021-06/Num63_Guyane_PER_COVID19_20210617.pdf 、 、 、 、 、 等； CDC。 MMWR Morb Mortal Wkly Rep. 2021; 70: 792– 3. DOI , , , , , , , 等。过敏。 2021； 76: 428– 55. DOI PubMed , , , , , , 等。临床感染。 2021； 2021：16； [印刷前的电子版]。考研

本文的建议引文：Vignier N、Bérot V、Bonnave N、Peugny S、Ballet M、Jacoud E 等。 SARS-CoV-2 gamma 变异体在完全接种疫苗的金矿工中的突破性感染，法属圭亚那，2021。Emerg Infect Dis。 2021 年 10 月 [引用日期]。 https://doi.org/10.3201/eid2710.211427 为本期刊撰稿的作者所表达的结论、发现和观点不一定反映美国卫生与公众服务部、公共卫生服务部、疾病控制和预防中心，或作者的附属机构。商品名称的使用仅用于识别，并不意味着上述任何团体的认可。